Del año 2013 al 2016, durante la Rectoría de Eduardo Hernández Nava, la Universidad de Colima cayó 22 lugares según el QS University Rankings: Latin America 2016.
Según el ranking, de las 300 universidades latinoamericanas evaluadas, la de Colima bajó del escaño 139 al 161 en un periodo de cuatro años.
Según la evaluación, de 100 puntos posibles la Universidad tiene un promedio de 35.5.
En relación académicos-alumnos, la de Colima obtuvo 44.8 puntos; 33.7 puntos en publicación científicas por académico; y 47.4 en proporción de académicos con doctorado.
En citas científicas por publicación, obtuvo 55.2 puntos; 50 puntos en la red internacional de investigación; y, 52.7 en impacto online.
Según el ranking 2016, en América Latina en primer lugar lo ocupa la Universidad de Sao Paulo (Brasil), el segundo la Universidad Estadual de Campinas (Brasil) y la tercera posición la obtuvo la Pontificia Universidad Católica de Chile.
El cuarto lugar es para la UNAM (México), el quinto lugar está la Universidad Federal de Rio de Janeiro (Brasil), el sexto lugar es para la Universidad de Chile y el séptimo lugar para el Instituto Tecnológico de Monterrey (México).